В клетках каждого животного, за исключением альбиносов, есть красящие вещества (пигменты), которые придают цвет коже, глазам, волосу животного. В часности у морской свинки таких пигментов, позволяющих иметь окрашенную шерсть, только два. Чёрный пигмент, названный эумеланин (eumelanin) даёт чёрный и коричневый окрасы разной интенсивности и красный пигмент феомеланин (phaeomelanin), дающий различные цвета красной группы (от красного до светло-жёлтого). За то, какой окрас мы видим у свинки, будет ли он насыщенным или осветлённым, однотонным или двух-трёхцветным, с рисунком или нет, отвечают различные серии и группы генов, а так же их комбинации. Аллель- это часть гена. Обычно ген представлен двумя аллелями, которые могут быть рецессивными (скрытыми) и доминантными (проявленными).Рецессивную аллель принято обозначать строчной буквой, а доминантную заглавной. У морских свинок существует несколько аллельных последовательностей (серий). Вот некоторые из них:

В пара (Black/ Brown)	Проявляется в рецессивном состоянии.
	В  Чёрный. Чёрные свинки имеют 100% эумеланина и феомеланина в коже. b  Коричневый. Шоколадные свинки имеют 100% эумеланина , но только 50% феомеланина. Такое сокращение чёрного пигмента даёт шоколадный окрас.
	ВВ, Bb  Свинка имеет любой насыщенный окрас из чёрной группы , так же обычные глаза и кожу. bb  Шоколадная свинка, глаза тёмно рубиновые. Ген так же влияет на цвет кожи, делая её светлее.

Е серия (Extension)	Отвечает за возможность распространения чёрного и красного пигментов в теле свинки.
	Е  Ген полного распространения, позволяющий чёрному пигменту появляться в коже и шерсти свинки. Свинка будет чёрной или агути. ер  (Partial Extension) Ген частичного распространения. Позволяет появляться чёрному пигменту. Делает возможным появление таких окрасов как черепаховый и агути с любым цветом из красного ряда. е  Ген подавления (не распространения). Полностью подавляет чёрный пигмент, разрешая красному пигменту присутствовать в шерсти. Животное будет красным.
	ЕЕ  Свинка чёрного окраса или агути (при наличии агути фактора) Е ер, Е е  Животное преимущественно окраса чёрной/шоколадной групп, но могут иметь участки шерсти, окрашенные в цвета красной группы. ер ер  Черепаховая или пёстрая свинка или агути в сочетании с цветом из красного ряда. ер е  Животное с преобладанием окраса из красной группы, но имеющее отметины принадлежащие цветам чёрной/шоколадной групп. ее  Свинка имеет окрас красного ряда.

А серия (Agouti)	Доминантный ген. Отвечает за распределение тёмных и светлых пигментов в волосе.
	А  Агути. Весь волос (за исключением живота) будет иметь крап. аr ar  Солид агути. Ген позволяет шерсти на животе свинки так же иметь крап. аt at  Тан аа  Не-агути. Все окрасы чёрного ряда. Эти же гены могут иметь свинки с окрасом из красного ряда,но не обязательно.
	АА, А аr, А аt, А а  Окрас агути. аr ar аr a  Свинка окраса солид агути. аr аt  Такое сочетание неприемлемо, т.к. эти два гена ко-доминантны, т.е. равноценны и вязать таких животных не рекомендуется. аt at аt a  Тан. аа  Все свинки чёрного/шоколадного и красного ряда. Но красные свинки могут быть носителем гена агути. Ведь когда свинка красная (ее), по внешнему виду невозможно определить, имеет ли она агути-фактор, т.к. при ее чёрный пигмент (даже если и имеется) полностью подавлен.

С серия (Chinchilla)	Осветление. Определяет интенсивность пигмента (от насыщенного окраса до почти полного альбинизма). Не полностью доминантный ген.
	С  (Color) Не осветлённый пигмент. Животное имеет полную пигментаию и интенсивный окрас. сk  (Dark Dilution) Тёмное осветление. Убирает из шерсти и кожи свинки 1/5 часть эумеланина и 1/2 феомеланина. Глаза остаются без изменения. сd(Light Dilution) Светлое осветление. Осветляет эумеланин на 2/5. На феомеланин действует меньше, осветляя его на 1/4.  Глаза приобретают незначительный рубиновый оттенок. сr  (Ruby-Eyed Dilute) Осветление с рубиновыми глазами. Незначительно действует на эумеланин ( немного затемняет с возрастом). Полностью подавляет весь феомеланин, т.е любой окрас из красной группы осветляется до белого. Меняет цвет глаз на рубиновый. сa  (Albino/Himalayan Dilution) Альбиносное или Гималайское осветление. Убирает весь пигмент из шерсти. Глаза всегда красные. Лишь у гималайцев (при определённом наборе генов) 2/5 эумеланина остаётся. Осветлитель гималайцев чувствителен к температуре, отсюда появление окрашенных участков наблюдается на наиболее холодных частях тела гималайцев.
	C  Доминантен ко всем нижним аллелям. сk ck  Тёмная сепия, очень тёмный бафф, ближе к золоту. сk cd  Тёмная сепия, тёмный бафф, шафран. ck cr, ck ca  Средней интенсивности крем, сепия. сd cd  Шафран, бафф, сепия. сd cr, сd ca Крем, светлая сепия. сr cr  Белый с тёмными глазами, светлая сепия, соболиный. сr ca  Белый с голубыми и красными (при рр) глазами, соболиный, светлая сепия. сa ca  Белый с красными глазами, гималайский.

Р серия (Pink-eye)	Ген розовых глаз, рецессивный.
	Р  Обычный цвет глаз, без осветления. рg  Осветляет только эумеланин на 50%, делает глаза свинки рубиновыми. Окрас чёрных свинок изменяется на сланцевый. Не оказывает влияния на окрасы красной группы, но так же изменяет цвет глаз. р  Осветляет эумеланин на 80% и полностью убирает пигмент из глаз, делая их розовыми. Практически не влияет на феомеланин.
	PP, Р р, P pg  Обычный цвет глаз и шерсти, без осветления. рg pg, pg p  Свинки с рубиновыми глазами, имеющие окрасы слейт блю, агути на основе этого окраса. рр  Свинки с ярко-розовыми глазами, чёрный осветлён до лилового, шоколадный до бежевого, а так же все аргенты. Белые с розовыми глазами. Шафран, крем и золото с розовыми глазами.

Rn пара (Roan)	Ген чалости. Не полностью доминантен.
	Rn  Чалость. rn  Обычная шерсть.
	Rn Rn  Придаёт животному белый окрас (полулетальй ген). Rn rn  Свинка имеет своеобразный рисунок- чалый или пятнистый (далматин). При таких окрасах пигментированные и белые волоски чередются. rn rn  Обычная свинка, без рисунка.

S пара (White Spotting)	Вызывает образование пятнистости (белых отметин) разной степени. Частично рецессивен.
	SS  Окрас без белых пятен. Ss  Небольшие белые отметины затрагивают менее половины животого. ss  Значительная пятнистость в окрасе свинки.

К пара (Калифорния)	Доминантный ген. Чувствителен к температуре, даёт появление окрашенных участков на наиболее холодных частях тела (как у гималайцев).
	К  Калифорния. k  Не-калифорния.
	К К  гомозиготная калифорния (затемнения на спине, более интенсивный прокрас на голове и конечностях). К k  Свинка имеет калифорнийский рисунок. Виден на участках красной/золотой группы, включая белый как высшую степень осветления красного k k  Обычная свинка, без рисунка.

D пара (Density)	Ген плотности. Проявляется в рецессивном состоянии. Производит, например, голубой окрас.
	D  Не разбавленный, плотный, интенсивный окрас. d  Разбавленный, ослабленный окрас.
	Этот ген участвует в образовании новых окрасов: BB dd РР  Блю или Голубой (Это разбавленный чёрный. Похож на голубой окрас кошек и мышей). bb dd РР  Фиолет (Разбавленный шоколадный). BB dd рр  Сильвер (Красноглазый блю). bb dd рр  нет названия (Разбавленный фиолет). BB dd pgpg  Лаванда (Разбавленный слейт блю). bb dd pgpg  нет названия (Разбавленный кофе/карамель).

Wd пара (Даппл)	Проявляется в рецессивном состоянии в окрасах шоко группы
	Wd  Сплошной. wd  Даппл.
	Wd Wd, Wd wd  Обычная свинка, без рисунка. wd wd  Свинка имеет своеобразный рисунок (Даппл). При таких окрасах пигментированные и белые волоски чередются.